轉移支付有很多是是非非。一方面，中央政府將大量收入作為轉移支付資金發放給地方政府。另一方面，轉移支付的爭議很大，甚至有大量的資金使用方批評中央政府過度集權導致地方一些亂象。在筆者數年前的調研中，福建一位縣委書記就直言不諱的說，“我要是醬油，你給的是鹽巴”。雖然這資金可以湊合著用，現實中造成很多浪費（他當時指是一項教育轉移支付要求用于改善學校的基礎設施建設，而該縣的學校基礎設施建設相當成熟，他們需要的是更多優秀的教師）。
《中國農民調查》一書認為，分稅制改革造成了地方財政上的虛弱，因此，許多地方公共開支都攤派到農民頭上，這與農民、農村問題密切相關。而分稅制主推者朱镕基2011年到清華大學參加百年校慶時對一些負面說法進行反駁。他認為，中央財政收入雖然多，但實際留在中央政府層面不足兩成（而分稅制前此比例更高一些）。因此，大部分錢只不過經過中央政府之手，最終返還給地方政府了。因此，責怪1994年分稅制是沒有根據的。不過，他同時承認，分稅制中“返還支付的方式”是有缺陷的。
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